Nell'anno 2029, le barriere del nostro mondo sono state abbattute dalla rete e dalla cibernetica, ma questo comporta una nuova vulnerabilità per gli esseri umani sotto forma di brain-hacking. Quando un hacker molto ricercato, noto come “The Puppetmaster”, inizia a coinvolgerli nella politica, la Sezione 9, un gruppo di poliziotti potenziati ciberneticamente, viene chiamata a indagare e a fermare il Puppetmaster.

Un fotografo sulla sedia a rotelle spia i suoi vicini dalla finestra del suo appartamento e si convince che uno di loro abbia commesso un omicidio.

Un giorno, al lavoro, il burattinaio Craig, che non ha successo, trova un portale nella testa dell'attore John Malkovich. Il portale si trasforma presto in una passione per chiunque entri nel suo folle e controllante mondo di controllo di un altro corpo umano.